Suomen Kansallisoopperassa Soile Isokoski debytoi La Bohèmen Mimin roolissa ja on sen jälkeen esiintynyt menestyksekkäästi mm. Wienin, Hampurin, Berliinin ja Baijerin valtionoopperoissa, Milanon La Scalassa, Opéra Bastillessa Pariisissa, Covent Gardenissa Lontoossa ja New Yorkin Metropolitanissa. Hän vierailee säännöllisesti monilla kansainvälisillä musiikkijuhlilla mm. Salzburgissa, Savonlinnassa, Edin­burghissa ja Orangessa. Hän tekee yhteistyötä useiden merkittävien kapelli­mestareiden kanssa, joista mainittakoon Esa-Pekka Salonen, Seiji Ozawa, Sir Colin Davis, Bernhard Haitink, Daniel Barenboim, Riccardo Muti, Claudio Abbado, Sir Simon Rattle, Valeri Gergiev, James Levine sekä Zubin Mehta.

Soile Isokoskella on laaja konserttiohjelmisto ja hän pitää liedkonsertteja vakituisen pianistinsa Marita Viitasalon kanssa. Yhdessä he ovat konsertoineet mm. Wienissä, Pariisissa, Lontoossa, Berliinissä, Frankfurtissa, Münchenissä, Roomassa, Ateenassa, Tokiossa, Moskovassa, Washingtonissa ja New Yorkissa. He ovat levyttäneet lukuisten suomalaisten ja pohjoismaalaisten säveltäjien sekä Schubertin, Schumannin ja Richard Straussin  teoksia. Yhdessä baritoni Bo Skovhusin kanssa he ovat myös levyttäneet Hugo Wolfin Italialaisen laulukirjan. Lisäksi Soile Isokoski on tehnyt useita ooppera- ja oratoriolevytyksiä. Hänen levytyksensä Richard Straussin orkesterilauluista Marek Janowskin johtaman Berliinin Radion Sinfoniaorkesterin kanssa sai vuonna 2002 arvostetun Gramophone Editor’s Choice Award -palkinnon.

Ansioistaan taiteilijana ja suomalaisen musiikin hyväksi tekemästään työstä Soile Isokoskelle myönnettiin Pro Finlandia -mitali vuonna 2002. Valtion säveltaidepalkinnon hän sai vuonna 2005. Vuonna 2007 Soile Isokosken levytys ”Luonnotar” Jean Sibeliuksen orkesteri­säestyksellisistä lauluista voitti MIDEM Classical Award 2007 -palkinnon "Vocal recitals" -sarjassa sekä BBC Music Magazinen ”Vuoden levy” -palkinnon. Kullervo-levytys Helsingin kaupunginorkesterin kanssa sai Diapason d’or de l’annee -palkinnon 2008.

Syyskuussa 2008 Soile Isokoskelle myönnettiin Wienissä kamarilaulajattaren arvonimi. Toukokuussa 2011 hänet promovoitiin Helsingin yliopiston teologisen tiedekunnan kunniatohtoriksi.

Kaudella 2012–13 Soile Isokoski esiintyy mm. Los Angelesissa, Dresdenissä, Wienissä sekä Glyndebournen musiikkijuhlilla.